Área de Microbiota
Estudio del impacto del microbioma y del trasplante de microbiota en la salud humana
Caracterización del micobioma mediante amplificación y secuenciación del gen 16S rRNA
La caracterización de la fracción bacteriana del microbioma de diferentes tipos de muestras (heces, frotis rectales, frotis vaginales, muestras respiratorias…) se realiza mediante amplificación y secuenciación del gen 16S rRNA a través de la tecnología Illumina. Este proceso incluye la extracción del material genético de la muestra, la preparación de librerías y la secuenciación.
Caracterización del micobioma y resistoma mediante tecnología de amplicones
La caracterización de la fracción bacteriana del microbioma y el resistoma de diferentes tipos de muestras (heces, frotis rectales, frotis vaginales, muestras respiratorias…) se realiza mediante la amplificación y secuenciación de un panel de amplicones que incluye diferentes regiones variables del gen 16S rRNA así como más de 350 genes de resistencia a antibióticos diferentes, mediante la tecnología de secuenciación IonTorrent.
Análisis bionformático de las secuencias
Se realiza un procesamiento bioinformático de las secuencias obtenidas a través de las distintas plataformas de secuenciación. Este procesamiento consiste en analizar la calidad de las secuencias y filtrarlas, realizar diferentes procesos de normalización para obtener resultados comparables así como realizar la asignación taxonómica y obtener la relación filogenética entre los distintos taxones identificados.
Análisis estadístico de los datos obtenidos
A partir de las secuencias procesadas se calculan los distintos índices de alfa y beta diversidad y se realizan análisis de abundancia diferencial en relación con los principales grupos de interés de cada estudio. Adicionalmente, se proporciona soporte en la interpretación de los datos obtenidos.